Az OGYÉI részt vesz mind a közforgalmú, mind a kórházi gyógyszerészet területére kiterjedő gyakorlati útmutatások, módszertani levelek, irányelvek összeállításában, kiadásában.
A módszertani levelek készítésében a szakmai kollégiumok is részt vesznek: a közforgalmú területen a Gyógyszerellátási-, a kórházi területen a Kórházi- Klinikai Gyógyszerészeti Szakmai Kollégium.
Az OGYÉI módszertani leveleinek témái vagy a rendeletekben nevesített területeken készülnek vagy a gyógyszerészeti gyakorlat során gyakran felmerülő kérdésekből adódnak.
Vannak területek, melyeknek szabályozása magasabb szinten valósul meg, ilyenkor a módszertani levél témája beépül az adott területen hatályos rendeletbe, esetleg annak mellékletébe.
A gyógyszertári gyógyszerkészítésben döntő változást jelent az új kiadású vényminta gyűjtemény, a FoNo VII. és a VIII. Magyar Gyógyszerkönyv hatályba lépése.